一、低階核廢料處置
低階核廢料(如電廠污染的手套、防護衣等)依據「低放射性廢棄物最終處置設施場址設置條例」規定，應於最終處置場址所在地辦理地方性公民投票。
各機關代表及專家學者依前述條例組成「場址選擇小組」，於2012年7月3日經濟部公告金門烏坵、台東達仁為「建議候選場址」。
條例規定，所在地縣（市）辦理需辦理地方性公民投票，並經同意得為候選場址。
由經濟部次長拜會地方政府，並說明低放選址作業：
2012年5月經濟部林次長聖忠於建議候選場址公告前拜會地方政府。
2016年經濟部楊次長偉甫拜會地方政府，說明低放選址作業。
2020年6月經濟部曾次長文生拜會金門縣長。
台東縣政府以該縣公民投票自治條例法制未備，金門縣政府以縣公投決定烏坵鄉公共事務不合情理為由，均函復經濟部本案尚難協助辦理。
二、高階核廢料處置
高階核廢料最終處置
高階核廢料(用過燃料棒)最終處置場選址條件相當嚴格，潛在適合地點均在東部及離島縣市，惟目前已有新北、宜蘭、花蓮、臺東、屏東、澎湖、金門等7縣市表態反對。
亦因地質條件嚴苛，調查缺法源，地質調查工作屢遭地方抗爭無法辦理，社會難取得共識，因此難以選定最終處置場址。
用過核燃料經再處理後，可提煉出用過核燃料內的鈾與鈽原料，重新製作成MOX(Mixed oxide fuel)燃料，再次放入反應爐內使用。用過核燃料再處理後體積可降低。MOX燃料目前於歐洲部分國家(比利時、瑞士、德國及法國)及日本所核可使用。
MOX燃料因主要成分為鈽，放射性與能量較傳統核燃料高，若需使用，燃料運送時需使用特殊容器，且反應爐相關設備需進行評估調整及安全分析，並向管制機關提出申請，審查通過後才能使用。且MOX燃料製造費用較全新的傳統核燃料高出許多，再處理產生之高低階放射性廢棄物仍需運回國內進行最終處置，不符經濟效益，目前少有國家採用。